為配合中華民國養雞協會執行九十四年度土種雞場輔導暨評鑑計畫，協助各種雞場記錄種雞群的外表特徵整齊度及其基因組成，特定本辦法。

土種雞場應辦事項：種雞場必需依中華民國養雞協會的土雞分類，註明紅羽土雞群及(或)黑羽土雞群的飼養場所在地郵遞區號三碼，作為種雞群的族群代號。例如郵遞區號712代表台南新化。

基因檢測的個體應是有繁殖能力的種雞。種公雞已有採精過及有後代小雞孵化出的為佳。種母雞已有人工授精過及有後代小雞孵化出的為佳。

基因檢測的種雞數量：每場有10隻種公雞和40隻種母雞參加基因檢測，就得配分3分。種雞場如有品系分群狀況時，可分別檢測每一品系10隻種公雞和40隻種母雞，但不會有額外的得分。基因檢測的種雞總數量低於50隻，配分以百分比來計分，例如僅檢測10隻，則得配分0.6分(3分x 10/50=0.6分)。

基因檢測的方式：由行政院農業委員會畜產試驗所遺傳育種組派專人至種雞場進行，相關用具會自行攜帶並已消毒滅菌過。種雞場應於中華民國養雞協會指定日期全力配合基因檢測員，為10隻種公雞和40隻種母雞拍攝左右側站立彩色照片，並記錄雞隻體重和抽取2 ml的翅靜脈血。翅靜脈血保存於冰冷盒中攜回遺傳育種組實驗室，萃取核酸後進行基因檢測。

檢測基因的種類：土雞有39對染色體，染色體大小不等，第1號至第10號染色體上有生長、產肉及繁殖等經濟性狀基因。本年度將檢測三個以上的功能性基因(諸如熱休克蛋白基因、多產    基因、藾菢基因)及數個區分品系用的遺傳標記。基因型與各類基因組成相似度及差異性，均不作為九十四年基因檢測配分高低的評分用途。

鑑於台灣土雞品種分歧，及為種雞場建立基因檢測資料庫，藉以提昇種雞場各品種品系的遺傳穩定度，每隻種雞的左右側站立彩色照片等相關資料會上網於台灣畜產種原資訊網    www.angrin.tlri.gov.tw的雞目錄頁，供業界推廣種雞及查詢系譜。