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Ｏ型口蹄疫東南亞株病毒可感染全部的偶蹄類動物（豬、牛、羊、鹿及其他），與Ｏ型口蹄疫臺灣株病毒只感染豬有所不同。

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東南株Ｏ型口蹄疫可造成偶蹄類動物產業嚴重經濟損失，除包括引發偶蹄類動物跛腳及口鼻部因水疱破裂潰瘍，而造成行動不便及食欲下降，飼料換肉率降低，產乳量下降，發病動物亦須撲殺，以確保本病毒株不會在我國定著及傳播。

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Ｏ型口蹄疫東南亞株，不分年齡、品種、及性別，全部偶蹄類動物皆具感受性。

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口蹄疫病毒具極高之傳染力，主要藉接觸感染動物而傳播，但亦可經由與人員、運輸車輛、器械等之接觸而感染，亦可能經由空氣傳播。

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豬非保毒動物，感染後抗體產生病毒即消失。相對地，牛、羊及鹿為保毒動物，牛隻可保毒約 6 個月，山羊可保毒約 4 個月，綿羊可保毒約 9 個月，鹿可保毒約 11週，一旦侵牛、羊、鹿場更不易清除，增加防疫困難度。

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牛隻潛伏期為 2-14 天；豬隻通常為 2 天或以上，但有可能縮短至 18-24 小時；綿羊通常為 3-8 天。

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口蹄疫臨床主要的特徵為發燒及口、鼻、蹄、乳腺部出現水疱，水疱很快會破裂而靡爛，因疼痛與不適而引發其他症狀包含沉鬱、食慾不振、流涎、跛腳、不願移動及站立。

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現行使用的口蹄疫疫苗，對於 O 型口蹄疫東南亞株及臺灣株病毒皆具有保護效果。

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依據免疫計畫規定時間，落實偶蹄類動物口蹄疫疫苗注射，並確實留意保存疫苗冰箱（設施）冷藏溫度是否維持 2-8℃ 間，才可保有疫苗有效效力，切勿冷凍保存。

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嚴格禁止非場內人員及車輛如動物運輸車輛（如運豬車）、化製車、飼料車及其司機等進入場內。

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人、車進出畜牧場，應經過嚴密清潔與消毒。動物所有人或管理人亦應避免涉足其他偶蹄類動物飼養場所、肉品市場及屠宰場。

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每週定期執行動物飼養場所清潔及消毒工作及落實記載「畜牧場衛生管理工作紀錄簿」，並加強場內動物健康情形訪視，如發現疑似病例或疫情，依規定儘速通報所在地動物防疫機關，否則處新臺幣 1 至 5 萬元。

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目前中國大陸、東南亞各國均為 O 型口蹄疫東南亞株嚴竣發生地區，切勿至疫區國家動物飼養場所參訪，返國後亦須淋浴、更換衣鞋及澈底消毒，隔 1 週後始可再進入動物飼養場，以確保所飼養動物之健康及防疫安全。

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動物運輸人員於動物運輸車輛載運動物後，請執行澈底清潔及消毒。