為預防外來惡性動物傳染病之入侵，造成產業重大之經濟損失以及社會人心之不安，世界各國均在動物防疫體系中增強其應變機制，期望外來惡性動物傳染病能建立早期預警，立即因應之機制，其中又以美、澳二國的緊急防疫體系為個中翹楚，從疾病種類、檢驗實驗室、應變措施乃至人員培訓，已建立標準的作業流程。

　　我國於民國八十七年八月在中央設立動植物防疫檢疫局，負責動物防檢疫業務之規劃，下設四個分局及十一個檢疫站，負責動物檢疫業務之執行並於中央設立家畜衛生試驗所，負責動物疾病之調查、研究、診斷及藥品檢定業務。各縣市政府設有家畜疾病防治所（動物防疫所），負責動物防疫業務之執行 ，已建立完善之動物防檢疫體系，但在緊急應變時，略顯經驗不足，如何吸取美、澳二國的經驗，強化我國的動物傳染病緊急應變體系，是目前正積極努力的目標。

　　依據動物傳染病防治條例及其施行細則，對於中央以及地方政府在動物傳染病的預防、防疫以及檢疫措施的相關權責已有概略性的規定。茲將動物傳染病緊急防疫體系之運作情形分述如下：

　　依據動物傳染病防治條例及其施行細則的規定，中央主管機關為行政院農業委員會，負責公告動物傳染病之種類、疫苗管理辦法、評價標準、檢疫條件、疫區，以及訂定各項防疫措施，供為疾病防治之依據。

　　農委會依據行政院八十六年六月廿七日召開之「審核各部會防災業務計畫及省（市）政府地區防災業務計畫」會議決議，訂有「動物傳染病防治及動物防疫中央處理中心作業要點」，訂定各部會、省（市）政府之權責，以有效推動惡性動物傳染病之防治措施，控制傳染病之蔓延。後來為因應本局之成立，以及配合精省作業的進行，將本要點修正為「動植物疫病蟲害防疫處理中心作業要點」，增列植物疫病蟲害之防治、農委會所屬局、所、場之權責，以及疫區縣市政府之權責，農委會已於本（八十九）年十月十二日將本要點函知各有關機關配合辦理。

　　依據動物傳染病防治條例及其施行細則的規定，直轄市 、縣（市）政府應設動物防疫機關，執行病性鑑定、指導、處置、通報等防疫業務。各直轄市、縣（市）政府另依據緊急撲滅外來惡性動物傳染病手冊的規定，訂有防疫指揮部之運作架構，以應付外來惡性動物傳染病傳入時的緊急疫情所需。

　　我國對於外來惡性動物傳染病緊急應變能力有待加強，當務之急應派送相關人員前往先進國家學取緊急應變之經驗，或邀請先進國家之專家前來指導，並蒐集國外動物傳染病緊急應變之相關資料，供為我國訂定惡性動物傳染病防治標準作業程序之參考。本項工作目前已委託家畜衛生試驗所進行中，因涉及國外資料之蒐集、翻譯、配合我國飼養狀況作適當之修改，並非一蹴可及，未來將逐年建立防疫行政、實驗室操作、產業配合、個別動物傳染病之緊急防疫體制及計畫。