診斷
　　一如同其他下痢疾病的處置，本病的治療最重要的是給予支持療法以矯正患畜的水合狀態及體液酸鹼、離子平衡。可以口服、靜脈注射、皮下注射的方式給予輸液，通常在給予支持療法後，患畜的下痢就能緩解。至於口服抗生素的治療是具爭議的，考量的問題是指：雖然抗生素能殺死腸毒型大腸桿菌，但也會消滅腸道內的常在菌叢，若常在菌叢失去平衡，可能對患畜造成更大的傷害；若認為仍需給予抗生素，則可考慮口服給予neomycin 或trimethoprim-sulfa，亦或是肌肉注射ampicillin或amoxicillin，可能可以提供助益。若想要減低患畜腸道發炎的症狀即給予輕微的止痛，可以考慮給予一些非固醇類消炎藥(NSAIDs)。在牛隻給予flunixin meglumine可減少受感染的牛隻的糞便排出量，在羊似乎也有這樣的效果 (1 to 2 mg/kg IM)。

預防
　　本病為糞口傳染，故加強場內衛生及盡量減少生產時仔畜攝取到母畜糞便的機會為一大重點，除此之外，於母畜生產前給予大腸桿菌疫苗可有效地增加新生仔畜之被動免疫。確保仔畜攝取到足夠的初乳也是降低此病發生率的重要措施。若此並已於場內發生，則可考慮給予正常的仔羊neomycin來控制全場疾病的發展。

輪狀病毒 (Rotavirus)
　　和人類及其他動物易感的輪狀病毒A型不同，通常仔羊下痢是受到B型的輪狀病毒感染，輪狀病毒會造成仔羊之小腸纖毛頂端之上皮細胞萎縮，小腸纖毛頂部主管吸收功能，所以萎縮的結果就是吸收功能不佳，引起吸收不良性下痢。

診斷
　　本病可藉由逆轉錄聚合酶鏈鎖反應(RT-PCR)進行分子診斷，以及由組織切片進行病理學診斷，但須注意的是輪狀病毒有時也能在沒有下痢的仔畜身上檢測到，所以其他造成下痢的原因也必須被列入檢測項目，不適合單獨檢測輪狀病毒就做診斷。

預防及治療
　　輪狀病毒為病毒性疾病，所以沒有可以針對病原進行治療的方法，僅能給予發病之仔畜支持療法幫助患畜耐過，預防方面則可給在生產前給予母畜疫苗，以增加仔畜之被動免疫。

隱孢子蟲症
　　隱孢子蟲症為原蟲性疾病，可對仔羊造成類似於輪狀病毒的吸收不良性下痢。隱孢子蟲與球蟲不同，繁殖出之蟲體不需要經過糞便排出體外後才進入具感染性階段，於患畜腸內即可感染其他尚外受到感染之小腸絨毛上部表皮細胞，而排出體外的病源也可馬上感染其他未受感染之仔羊，此些特性造成此病症狀可發展至相當嚴重，且可以快速的傳播，疫情時程亦可延續相當長。

沙門氏菌 (Salmonella species)
　　沙門氏菌屬於細菌性病原，有上千種血清型，所有的血清型都有可能造成動物的下痢，所有年齡的仔羊都有可能受到此菌感染造成下痢。此菌產生之腸毒素具侵入性，可造成嚴重的發炎症狀甚至大小腸的壞死。

治療
　　如同上述之下痢疾病，支持療法是不可或缺的，使用抗菌劑給予治療可能有些爭議且腸道外的抗菌劑治療也無法改善腸內的感染情形，但因沙門氏菌具侵入性，給予腸道外抗菌劑有利於避免敗血症的發生。抗菌劑的選用需依照藥物敏感性試驗的結果來決定，在試驗結果出來前可考慮以 Ceftiofur sodium 及 trimethoprim-sulfadiazine先行給藥。

預防
　　此病的帶原動物可能為亞臨床的形式，所以在引進新畜時建議隔離一個月，且考慮進行糞便細菌培養，確定沒有帶原之後再引入場內羊群，此菌對於漂白水之感受性良好，可以用漂白水消毒器具來加強環境衛生、減少病原。