蘭嶼豬為自台灣本島移入東南方外海蘭嶼島適應下來的小型黑色豬種，因其外表特徵的耳小直立，名為小耳種豬，但體型亦小，故亦稱迷你豬。台東種畜繁殖場在小型豬研究上，可溯自1979年9月間，行政院農業發展委員會畜牧組組長鍾博博士和黃暉煌技正為推動國家科技方案中的子項「發展豬隻供作醫學研究用實驗動物」，而由施義章場長陪同至蘭嶼鄉跟當地雅美族人洽購當地土種小耳豬。因此，台東種畜繁殖場於1980年自蘭嶼購入4公16母為基礎族群，放牧於岩土坡林地，再增設自動飲水區和精料餵飼區。整個族群圈養在一起，因而為逢機配種的繁殖方式，母豬分娩時自行以隱密坑洞或樹叢處為天然屏障，並無人工哺育設施提供，整個飼養管理環境接近野生狀態。於1987年起被行政院農業委員會列為保種族群，自此以15公45母為逢機配種的保種族群。在1991年10月起至1993年9月止為期兩年的產仔追蹤研究中，發現該族群的產仔高峰在這兩年內均為冬季的12月，把懷孕期114天扣減後，其配種月份為正處夏季的8月，顯示蘭嶼豬的繁殖旺季或產仔旺季必然是已適應外在環境所表現的結果，亦即蘭嶼豬具有適應亞熱帶氣候的能力，平均每胎產下5.6頭活仔豬。隨後於1993年10月至12月間，在放養坡林地放置人工涵洞，供豬隻避風雨用，產仔頭數增加為6.7頭，仔豬八週齡的育成率有82.3％。蘭嶼豬的小體型和封閉族群特性，有利於選拔為迷你型實驗動物供醫學研究用。

在1992年自蘭嶼豬種的小體型選育族群中，檢測體色全黑的仔豬的GPI遺傳型和PGD遺傳型。仔豬具有GPI-BB型和PGD-AA型者才選留，同時五月齡體重不超過20公斤者才被選為第零代種畜，合計有10公50母為基礎族群。

第零代的10公50母是採併欄配種方式，一欄內放入五頭母豬和一頭公豬，經過10天，再把公豬隔離出來，再經四天，再把公豬放入另一群母豬欄內。此時，公豬輪替方式而被放入另一母豬欄，藉此避免某一頭公豬的受精力低落而致母豬無法受孕的狀況產生。併欄配種的期間有兩個月，相當於有四頭公豬在這兩個月期間和同欄的五頭母豬曾經併欄飼養過。於1992年7月起，第零代種豬10公50母，依1公5母的併欄配種方式進行繁殖第一代仔豬。所有仔母豬留下供五月齡重的選留用，而仔公豬的選留，則依其雄親的受精力高低而被指定選留。雄親有五胎後裔者，其仔公豬才被選留，每胎僅選留一頭，其餘者在8週齡離乳時均予以淘汰出售或去勢。初產的第零代種母豬於8週齡時離乳，並待所有初產母豬全部離乳，才又併欄配種，使之產下第二胎，第二胎仔豬不留種用。此時第一胎仔豬已有五月齡的體重，而雌親的產仔能力則有兩胎產仔數之平均。根據雌親的產仔數高低和第一胎仔豬五月齡體重輕者之方式，選留50頭母豬和10頭公豬為第一代種豬。

第一代種豬10公50母於1993年6月起兩個月，又採1公5母的併欄配種方式，每半年併欄繁殖一次，多數為同父異母的半同胞。母豬在每次併欄配種後，並非全部均能產下活仔豬，故依分娩年齡為1.0、1.5和2.0歲來計算產仔數。所有的一歲齡和1.5歲齡母豬產下的仔豬均不留種，僅選留2.0歲齡母豬產下的仔豬。根據雌親的產仔數高低和仔豬五月齡體重輕者，選留50頭母豬和10頭公豬(每胎僅選留一頭)為第二代種豬。

第二代種豬10公50母於1995年6月起兩個月，乃採1公5母的併欄配種方式,每半年併欄繁殖一次，多數仍為半同胞。母豬在每次併欄配種後，並非全部均能產下活仔豬，母豬產仔數亦依母豬分娩年齡為1.0、1.5和2.0歲來計算。

第三代(1998年7月)起以兄妹配進行全同胞選育近親品系。近親品系族群的經濟用途上，除因其近親而可供醫學研究用實驗豬外，亦因其體型小，可為休閒觀賞用豬種。

耳朵豎立，皮膚毛色為黑色具光澤，毛質短而黑。體軀呈長方形，體型較小；頸部起至背部有剛毛，背部些許凹背。乳頭數每側約為6個，公豬睪丸緊接臀部。四肢粗短強健，腳呈Ｘ字形腳掌貼地，蹄部緊密著地，後腳與地垂直。尾巴常不停的擺動，像似趕蒼蠅。一般而言，依體型上可概略分為精肉型與肥肉型兩種：精肉型之顏面長、鼻孔寬圓、四肢高而瘦長、頭部細長，耳朵稍大前傾，前胸狹窄；而肥肉型則鼻孔稍尖，體型短，頭部豐滿，四肢矮短細小，耳朵較小、豎立，前胸寬度厚些。五月齡時體高、體長、耳長、耳寬、胸深、胸圍、前肢長、前肢管圍、後肢管圍、臀寬、尾長等體型性狀，沒有明顯的性別差異(表1)。第二代豬隻的公母體重分別為17.32±3.52 和 18.06±6.23 公斤，公母體高分別為36.25±3.22和36.04±3.89 公分，而公母體長分別為53.75±5.74 和 55.53±7.78 公分。

蘭嶼豬的排卵數為9.3±1.8個。蘭嶼豬之懷孕期為114±3天，其左右乳頭數各為5.8±0.2個與5.9±0.2個；出生時公／母性比率為1.25。第零代的種母豬之初產活仔數和第二產活仔數分別為4.22±1.02頭(45胎)和5.23±1.97頭(35胎)。第一代的種母豬依分娩年齡1.0、1.5和2.0歲時，其每胎活仔數分別為1.82±2.47頭(36胎)、3.02±2.56頭(30胎)和5.02±2.26頭(34胎)。第二代的種母豬依分娩年齡1.0、1.5和2.0歲時，其每胎活仔數分別為3.78±1.13頭(37胎)、4.13±1.26頭(39胎)和4.34±2.01頭(35胎)。而各世代種母豬的每胎總產仔數則列表於表2，顯示每胎均能產下五頭左右仔豬，選拔世代間的初產總產仔數差異並不顯著(P>0.05)，但第一代種母豬之初產活仔數則僅有1.82±2.47頭，顯著地低於第零代種母豬者的4.22±1.02頭(P<0.05)。不過，第一代母豬隨著分娩年齡增加為2.0歲時，其每胎活仔數顯著地增加為5.02±2.26頭(P<0.05)。第二代母豬的產仔數並未顯著地因母豬分娩年齡之增加而有顯著地增加。此GPI/PGD遺傳型純合品系的蘭嶼豬群,雖在第一代受到半同胞近親配種之影響而有活仔數下降的趨勢，但在第二代則不受影響。

表2. 蘭嶼豬種純合品系採半同胞配種後之產仔數

各世代仔豬達五月齡的體重，公母的體重相差不顯著(P>0.05)，仔豬五月齡重平均均低於20公斤。

GPI遺傳型為BB。PGD遺傳型為AA。Hal-1843基因型為CC。