(三)遺傳基因體分析

1. 粒腺體DNA序列：

　　利用Loftus 等人(1994)所設計之引子對L15737: 5’-CTGCAGTCTCACCATCAACC-3’，H992: 5’-GATTATAGAACAGGCTCCTC-3’增幅放大D-loop區域，引子序列末端的的位置標示則依據Anderson 等人(1982)所發表整個粒線體DNA序列而定。由59個臺灣黃牛樣品，經DNA定序後，取5’與3’端頭尾相同序列的部份，並與參考序列V00654 (Anderson et al., 1982)和EU177868 (Achilli et al., 2008)以軟體Clustal W 2.0進行比對分析，結果比對序列區域含有29個變異點，再進一部利用Neighbor joning方法描繪演化分析圖，結果分成兩群(圖1)，大群所佔百分比為86.44，小群所佔百分比則為13.56%。

圖1. 臺灣黃牛粒線體DNA D-loop區之演化分析圖(廖，2008)

2. 核內DNA微衛星標記：

　　利用FAO(2004)建議使用的牛微衞星標記組，以其中12組牛微衞星標記分析93頭臺灣黃牛個體之DNA進行微衞星型遺傳標記分析，12組微衞星標記皆有多態型的基因型，具多態型的微衞星標記組共檢測到106個alleles，平均每個基因座具有8.8個對偶基因(5~13個alleles)，其觀測異質度介於0.37到0.87，平均為0.57，而期望異質度介於0.52到0.83，平均為0.73。而多態性訊息含量(Polymorphism Information Content, PIC) 介於0.47到0.80，平均為0.69 (表3)。在本試驗選用的12組微衛星標記組皆有多態型的基因型，且具高多態性資訊(PIC<0.5)，顯示恆春分所臺灣黃牛保種族群遺傳多樣性的維護與管理良好。

表3. 臺灣黃牛微衞星型遺傳標記分析

Locus

 ま

chromosome

 ま

Fragment   (bp)

 ま

Number  of alleles

 ま

Observed heterozygosity

 ま

Expected heterozygosity

 ま

 PIC＊
BM1818 　 23 　 253~269 　 9 　 0.54 　 0.78 　 0.74
BM1824 　 1 　 177~195 　 5 　 0.46 　 0.52 　 0.47
CSSM66 　 14 　 178~220 　 6 　 0.63 　 0.70 　 0.64
ETH10 　 5 　 214~224 　 6 　 0.71 　 0.68 　 0.63
HEL5 　 21 　 137~161 　 10 　 0.52 　 0.77 　 0.73
HEL9 　 8 　 137~163 　 12 　 0.47 　 0.83 　 0.80
HEL13 　 11 　 173~217 　 13 　 0.54 　 0.78 　 0.74
ILSTS006 　 7 　 274~300 　 9 　 0.37 　 0.80 　 0.77
INRA005 　 12 　 133~145 　 7 　 0.87 　 0.78 　 0.74
INRA023 　 3 　 182~212 　 10 　 0.46 　 0.74 　 0.70
INRA032 　 11 　 156~188 　 10 　 0.77 　 0.77 　 0.73
INRA063 　 18 　 160~188 　 9 　 0.54 　 0.59 　 0.55
Mean±SD 　 　 　 　 　 8.8±2.4 　 0.57±0.15 　 0.73±0.09 　 0.69±0.10

＊PIC :多態性訊息含量(polymorphism information content)。polymorphic markers were highly informative (PIC > 0.50), reasonably informative (0.50 > PIC > 0.25), and slightly informative (PIC < 0.25).
＊＊(林，2009)